Pour la gestion de ses sites Natura 2000, la France a opté pour la voie de la concertation et de la contractualisation.
Un comité de pilotage (COPIL) est constitué pour chaque site. Le comité regroupe l'ensemble des acteurs concernés par le site Natura 2000: services publics, collectivités, propriétaires, associations, usagers, représentants socio-professionnels, scientifiques... Ce COPIL sera l'organe qui organise la vie du site. C'est l'instance qui valide les travaux et entérine les décisions proposées.
Il est mis en place par le préfet et sa constitution fait l'objet d'un arrêté préfectoral. Il se doit être représentatif du territoire et regroupe différents acteurs locaux sous forme de plusieurs collèges (élus, associations, experts, scientifiques, organismes de l'Etat et administrations). Ce COPIL n'est pas figé et peut intégrer en cours de procédure toute personne ou organisme pouvant apporter des éléments de compréhension au fonctionnement local du site.
Le COPIL, présidé par un élu local ou à défaut par le préfet, encadre l'élaboration du document d'objectifs (DOCOB) et suit sa mise en oeuvre. La structure porteuse (l'État ou une collectivité) peut faire appel à des opérateurs ou animateurs.
Le DOCOB fixe les objectifs et définit les mesures de toute nature qui peuvent contribuer à la préservation et, s'il y a lieu, la restauration des espèces et habitats justifiant la création du site.
La démarche Natura 2000 privilégie la participation active des acteurs locaux à travers différents dispositifs de gestion des sites.
